Harari sinh ra ở Kiryat Ata, Israel vào năm 1976 và lớn lên trong một gia đình Do Thái theo chủ nghĩa thế tục [3] với nguồn gốc Lebanon và Đông Âu tại Haifa, Israel.[4] Năm 2002, ông gặp người chồng hiện tại là ông Itzik Yahav, người mà ông gọi là "internet vạn vật của tôi".[5][6] Yahav cũng là người quản lý của Harari.[7] Họ kết hôn trong một buổi lễ dân sự tại Toronto ở Canada.[8] Cặp đôi sống trong một moshav (một loại cộng đồng nông nghiệp hợp tác của các trang trại cá nhân), Mesilat Zion, gần Jerusalem.[9][10][11]

Harari nói thiền Vipassana, mà ông bắt đầu khi còn ở Oxford năm 2000,[12] đã "thay đổi cuộc đời tôi".[13] Ông thực hành hai giờ mỗi ngày (một giờ vào lúc bắt đầu và một giờ vào lúc kết thúc ngày làm việc [14]), mỗi năm ông thực hiện một khóa thiền trong 30 ngày hoặc lâu hơn, trong im lặng và không có sách hay phương tiện truyền thông xã hội,[15][16][17] đồng thời ông cũng là một trợ giảng thiền.[18] Ông dành riêng cuốn Homo Deus cho "người thầy của tôi, SN Goenka, người yêu thương dạy tôi những điều quan trọng" và nói "Tôi không thể viết cuốn sách này mà không có sự tập trung, bình yên và hiểu biết sâu sắc từ việc thực hành Vipassana trong mười lăm năm." [19] Ông cũng coi thiền là một cách để nghiên cứu.[17]

Harari là một người ăn chay trường, ông nói rằng quyết định này đến từ một nghiên cứu của mình, bao gồm quan điểm rằng nền tảng của ngành công nghiệp sữa đang phá vỡ mối quan hệ giữa bò mẹ và bò con.[4][20] Kể từ tháng 1 năm 2019, ông không còn sử dụng điện thoại thông minh.[21]